A partir del Apertura 2016 La Copa MX modificará su formato y ahora para la primera fase habrá 8 grupos de 3 equipos y una vez concluida la primera etapa, se clasificarán a octavos de final los dos primeros de cada pelotón.
Serán en total 24 los equipos participantes, 12 de cada división.
Después de un sorteo previo la distribución de equipos quedó de la siguiente manera:
Grupo 1: León, Celaya, Atlante
Grupo 2: Jaguares, Tapachula, Guadalajara
Grupo 3: Cruz Azul, Leones Negros, Coras
Grupo 4: Morelia, Murciélagos, Alebrijes
Grupo 5: América, Mineros, Venados
Grupo 6: Lobos, Tijuana, Toluca
Grupo 7: FC Juárez, Santos, Veracruz
Grupo 8: Querétaro, Puebla, Dorados
Quedó igualmente definido el calendario de partidos.
Grupo 1: Atlante 0-1 León
FASE DE GRUPOS
PRIMERA FECHA
Martes 19 y miércoles 20 de julio
Grupo 1: León 1-1 Celaya
Grupo 2: Jaguares 1-1 Tapachula
Grupo 3: Cruz Azul 2-0 Coras
Grupo 4: Alebrijes 0-0 Murciélagos
Grupo 5: Venados 0-3 América
Grupo 6: Tijuana 3-0 Toluca
Grupo 7: FC Juárez 5-0 Veracruz
Grupo 8: Querétaro 1-2 Puebla
SEGUNDA FECHA
Martes 26 y miércoles 27 de julio
Grupo 1: Atlante 0-1 León
Grupo 2: Guadalajara 1-4 Jaguares
Grupo 3: Leones Negros 2-2 Cruz Azul
Grupo 4: Morelia 3-0 Alebrijes
Grupo 5: América 4-1 Mineros
Grupo 6: Lobos 4-0 Tijuana
Grupo 7: Santos 1-1 FC Juárez
Grupo 8: Dorados 1-2 Querétaro